Después de un tiempo de inactividad, ó cuando el protector de pantalla está habilitado, Empathy pone el estado de "Away" automáticamente. Si (como en mi caso), el estado por defecto que usan es Invisible, esto puede llegar a molestar un poco.
Solución?
Ejecutar dconf-editor, y en /org/gnome/empathy se puede deshabilitar esta opción (auto-away).
Espero les sea útil esta información.
Saludos